冯国璋进京后，头一件事便是给福州的黎元洪发去电报再次力言劝其复职，对此黎元洪只能一笑了之，当夜便将电报当成了擦屁股纸。又派内务总长汤化龙为他的大总统代表，进宫答谢清廷对他荣升大总统的祝贺。随后，他便将王士珍，段祺瑞请进总统府中，一叙‘北洋三杰’往日情怀和他们之间的深厚友谊。期间冯大总统极为亲切地说：“咱们老兄弟三个连枝一体，不分总统，总理，总长，只求合力办事，从今而后再也不会有什么府院之争了。”
“府院一体，内外一心”的高调呼得山响。但冯国璋忘了现在的民国是内阁制，内阁制的总统再也不能像洪宪帝那般肆意妄为，唯我独尊了。他又不是第二个黎元洪。他是一个有军队，有地盘，有势力，有野心的不低于段祺瑞的实权人物，他决不象黎元洪那样甘心当活动的盖印机器。所以在与段祺瑞盘踞的总理府打交道的时候没出三天便闹出了大矛盾。
这段祺瑞也并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委托给了他的亲信徐树铮，而徐树铮偏生是个恃才傲物目中无人的家伙，他奔走于府院之间，处处越俎代庖，以前就为洪宪帝所厌恶，现在更是让冯国璋所不喜。
冯国璋入京第三日徐树铮便拿着一份委任状请冯国璋盖总统印，冯国璋问起其整个人的履历来，徐树铮竟然一番白眼回答道：“现在实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”冯国璋是何等人物，便是洪宪帝都不曾给过面子，哪里受过此等怠慢，当即掀翻桌子，将任命书撕成粉碎，让人将徐树铮轰了出去，随后十分愤怒，对左右说：“这徐小扇子如此狂妄，他眼中怕是之后段祺瑞，哪里有我冯国璋！若不加以教训这个总统怕是不好做了。”当晚便下令罢免徐树铮一切职务，赶出北京城。段祺瑞知道后，大吃一惊，深夜赶到大总统府，等了一个多小时，才从小门进入，等冯国璋起床之后，已经是凌晨三点多了，等到段祺瑞说完请，冯国璋收回成命，已然到了天亮。
有了这样的教训之后，总理府中的人去总统府办事都规矩了许多，由于很多事情段祺瑞和冯国璋的意见一致，或早就商量妥了，所以府院之间也还算一团和气。北洋上下对此表示出了一致的乐观态度。
谁知道事情的发展大大超过了人们的预料，或者说外面的世界发展太快，逼迫着里面的人不断地做出伤害彼此的选择，自从张勋复辟之后，孙猴子在昆明城上树起了护法的大旗，并招来不少旧国会议员，召开非常国会，组建护法军政府，否认段祺瑞和冯国璋的总理和总统的职务。对此两个老兄弟立即挥舞起铁拳，在湖南境内大打出手，陆荣廷，唐继尧只不过拿着孙猴子当幌子，赶着争权夺利的勾当，哪里真的肯和北洋军的精锐硬碰硬，不久唐继尧便派出了使者和冯国璋寻求双方秘密媾和的条件，这等事情瞒得了普通百姓，瞒得了孙猴子一干匪徒，如何瞒得了犬牙交错的冯国璋段祺瑞的双方势力。府院之间的蜜月期也因此出现了不可扭转的裂痕。
段祺瑞拉着一张长脸，对冯国璋道：“四哥，这是真的吗？你打算和西南那些乱臣贼子义和？”
冯国璋看了他一眼，道：“祺瑞啊，这总是打仗也实在不是个事儿，国家的经济建设怎么办？中国的国际形象怎么办？你我作为整个国家的管事儿不能不多加考虑啊！其实想想也没什么，洪宪皇帝不闹帝制的时候，人家可是好好地听中央安排，要不是那帮混蛋撺掇着袁老大闹帝制，他们也不至于和中央闹翻吧！以四哥的意思，他们若能好好地和中央商量的话，这仗能不打就不要打了，免得伤了国家的元气，于国于民都不好。”
段祺瑞听他说完这句话，比起都气歪了，道：“四哥你怎么能这么想呢？”
冯国璋道：“我为什么不能这么想！”
段祺瑞狠狠地说道：“陆荣廷，蔡锷，唐继尧都是对抗中央图谋割据之辈，当初只不过接着反对帝制的名堂反抗中央而已，如今哪里还有皇帝，却迎接孙猴子在昆明另立什么护法军政府，是可忍孰不可忍！以小弟的愚见，西南叛逆必须清楚！中央权威必须在武力统一之中得到加强。”
冯国璋道：“原来是护国，现在是护法，你若恢复了临时约法，岂不是就没有这么多麻烦事了？”
段祺瑞道：“总理对国家负责，临时约法先前就不适用于国家，以至于闹出张勋复辟这等丑闻，如今又有护法军政府的闹剧，可见临时约法便是中国混乱之源，万不可恢复，更不用恢复，毕竟孙猴子都不用临时约法，凭什么让我们用！”
冯国璋想了想，叹了口气道：“祺瑞你说的很有道理，谁都知道什么护法都是名头而已，私底下都是这帮子老兄弟为了那几个省份闹个你死我活，未免太不好看了吧！还是和为贵吧！”
段祺瑞勃然大怒道：“你是我的四哥所以我万事和你商量，你要知道如今是内阁制了总理说了算，西南那几块地或许四哥你看不上，但是北洋有多少弟兄眼巴巴地等着这几个省解馋。你当真是饱汉子不知道饿汉饥。为了这些兄弟们的着落，必须武装讨伐西南叛逆！四哥你只要盖章就不好了！”
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